O Mestrado Profissional em Economia do CAEN, MPE-CAEN, iniciou suas atividades em setembro de 2000 como uma resposta à demanda da sociedade por uma capacitação profissional de natureza diferenciada daquela do mestrado acadêmico tradicional. Sua proposta principal é apresentar a teoria econômica de modo direcionado ao mercado de trabalho e aplicada a várias áreas da economia e finanças.

Atualmente, a turma 2015.2 é oferecida ao Sindicato dos Fazendários do Ceará – SINTAF, na modalidade in company.